《傳染病防治法》第十六條規(guī)定，傳染病的菌（毒）種分為一、二和三類。鼠疫、霍亂和天花，是一類；肝炎、狂犬病、登革熱等是二類；流感病毒是三類。
2003年的非典病毒和這次的新型肺炎病毒，都是冠狀病毒。2003年的時候，冠狀病毒不在傳染病目錄里，后來有關(guān)部門把它列入傳染病目錄里，為二類病毒，但按一類管理。
2019年底武漢出現(xiàn)的新型冠狀病毒，也不在傳染病防治法目錄里。2020年1月20日，有關(guān)部門把它列入傳染病防治法的防治目錄里，也是二類病毒，按一類管理。
2003年的冠狀病毒，先是在廣東出現(xiàn)并傳播，一直傳播到北京等地。2019年底出現(xiàn)的冠狀病毒，先是在武漢出現(xiàn)并傳播，然后傳播到全國各地。這兩者都不在傳染病目錄里，所以地方?jīng)]能按照傳染病防治法啟動相應(yīng)的應(yīng)急行動。
以上兩次疫情發(fā)生后，都是在國家衛(wèi)生管理部門把病毒列入傳染病病毒目錄之后，各級政府才啟動二級或一級響應(yīng)，但都是為時已晚，病毒已經(jīng)擴散到全國。中國不得不花費大力氣，以舉國之力，用最原始的方法、最原始的手段，隔離人群，來切斷傳播的鏈條。付出代價可謂巨大，但也無可奈何。
機制之困
傳染病防治法規(guī)定，國家衛(wèi)生管理部門可以根據(jù)情況，增加或者減少菌（毒）種的種類。這一規(guī)定，使得增加或者減少傳染病毒或者病菌的權(quán)力，集中于衛(wèi)生管理部門。
但國家衛(wèi)生管理部門并不直接接觸病毒，直接接觸病毒的是一線的醫(yī)生。然而，醫(yī)生所能做的只是患者的咽拭子檢查，也就是提取咽喉部的分泌物。提取分泌物后，要進行病原微生物培養(yǎng)，同時對感染的病原微生物進行基因序列檢測，確診則要用診斷試劑盒，病毒檢測需要核酸檢測試劑盒。
好醫(yī)院有條件自己培養(yǎng)病原微生物，但沒有試劑做進一步確認。一般醫(yī)院則沒有這個條件。所以一般都交給疾病預(yù)防控制中心（CDC），或者相關(guān)的生物安全實驗室進行培養(yǎng)。CDC有診斷試劑盒—一般在地級市CDC就有這個設(shè)備。
地級市CDC用診斷試劑盒確診后，要報給省級CDC復(fù)檢；省級CDC確認復(fù)檢后要報給國家CDC；國家CDC確認是某個病毒，而且具有人傳人的傳染性后，要報告給國家衛(wèi)生管理部門；有關(guān)部門再根據(jù)情況，決定是否列入傳染病毒的目錄。在這一過程中，所有信息嚴(yán)格保密，醫(yī)生、各級CDC都無權(quán)向外界報告情況。
針對這次的新型病毒，因為剛開始沒有試劑盒，所以最好的處理方式是依靠醫(yī)生臨床判斷和摸索、探索，在確保安全的情況下提出響應(yīng)的防疫措施。但在現(xiàn)有的機制下，醫(yī)生的臨床判斷和寶貴的探索，并沒有形成有用的政策信息，占主導(dǎo)的仍是行政管理體系。
其結(jié)果是，無論是非典的冠狀病毒，還是這次的新冠病毒，都沒有能及時準(zhǔn)確判斷肺炎的準(zhǔn)確原因，沒有及時發(fā)現(xiàn)病毒存在人傳人的特性，所以也就沒有及時把病毒列入法定傳染病毒目錄。
治理之變
幸虧中國有一個鐘南山，他雖然在廣東，不在北京，但在2003年，他以專家身份指出，非典型性肺炎的病原是冠狀病毒感染，而不是衣原體細菌感染，從而否定了當(dāng)時的國家衛(wèi)生管理部門的決定。
2020年1月19日，他和團隊到達武漢，又指出武漢肺炎是新型冠狀病毒感染，而且已經(jīng)發(fā)生人傳人，是二類傳染病毒。鐘南山以臨床經(jīng)驗為基礎(chǔ)進行了判斷，國家衛(wèi)生管理部門接著把新病毒列入國家傳染病病毒名錄，各級政府啟動一級響應(yīng)。
但即便如此，無論是非典型肺炎，還是新型肺炎，在鐘南山做出判斷的時候，都已經(jīng)大規(guī)模爆發(fā)。大家都認為，是地方政府瞞報造成的，非典時期北京市市長還因此引咎辭職。這次新型冠狀病毒大爆發(fā)，大家也認為是武漢市政府沒有及時披露相關(guān)信息，要求武漢市長下課。但從武漢市長