統(tǒng)的效率低。作為國家創(chuàng)新體系中的企業(yè)系統(tǒng)，科技系統(tǒng)， 教育 系統(tǒng)等各個部分，互相之間的整合的效率也較低，仍然存在互相脫節(jié)的問題。企業(yè)想要技術和項目，可科研院所又拿不出有水平有市場的成果。各個子系統(tǒng)交流合作不夠，難以形成合力，就難以發(fā)揮整個創(chuàng)新體系的功能。
(二)完善我國國家創(chuàng)新體系的構想
針對以上問題，要推進創(chuàng)新體系的建設，必須借鑒國外好的經(jīng)驗，實行開放型的體制。
第一，轉變政府職能。其核心是處理好與市場的關系。凡是能通過市場機制，通過競爭來調(diào)節(jié)的領域，政府部門就要退出，政府部門不應該代替企業(yè)去創(chuàng)新，應該以宏觀調(diào)控和提供服務為主。在市場經(jīng)濟條件下，技術創(chuàng)新的項目選擇應當由市場決定，創(chuàng)新的高回報也應該由企業(yè)享有，政府不應介入這個過程。要應對跨國公司R&D全球化挑戰(zhàn)，實現(xiàn)自主創(chuàng)新，就必須從根本上改革我國的國家的創(chuàng)新系統(tǒng)，以促進全社會科技資源高效配置和綜合利用，提高科技創(chuàng)新能力，為我國的研究機構參與國際市場創(chuàng)造條件。
第二，充分發(fā)揮企業(yè)創(chuàng)新主體作用。除了上述所說的比技術引進更重要的技術積累和技術傳播，即在引進的基礎上消化，改進，發(fā)展，進而普及它之外，一個問題就是如何在國內(nèi)完成技術轉讓，即把新技術新產(chǎn)品普及到企業(yè)中去。在日本，政府和企業(yè)的科研機構進行著密切的合作，即進行聯(lián)合研究開發(fā)，因此能夠較順利的推進技術轉讓。而在中國尚缺乏這種密切合作的機制。政府應當從稅制、 金融 等方面采取優(yōu)惠措施，積極扶持企業(yè)建立和加強研究開發(fā)機構，支持科研人員“下海”創(chuàng)辦企業(yè)。
第三，充分利用外國資源。正如上文中所提到的，經(jīng)濟全球化和科研全球化的環(huán)境給我國利用國外資源，完善國家創(chuàng)新體系帶來了機遇。要加強我國企業(yè)與跨國公司的研發(fā)合作，利用跨國公司技術優(yōu)勢增強我國自主創(chuàng)新能力，促進我國的企業(yè)和機構主動與跨國公司加強研發(fā)合作。
第四，重視發(fā)揮中小企業(yè)，民營科技企業(yè)的重要作用。很多研究顯示，中小企業(yè)在創(chuàng)新的量和質上都表現(xiàn)出較高的水平。美國有研究指出，盡管大企業(yè)有巨大的研發(fā)投資，但大企業(yè)常常把工作的重點放在對現(xiàn)有產(chǎn)品的改進和降低其成本方面，而小企業(yè)更可能投資于具有根本性的創(chuàng)新。[11]小企業(yè)和大企業(yè)的差異主要表現(xiàn)在技術創(chuàng)新的動力機制和環(huán)境因素及創(chuàng)新能力方面。開創(chuàng)基業(yè)的技術創(chuàng)新的動力機制決定小企業(yè)創(chuàng)新的重點更多放在技術突破和填補技術空白上。同樣，民營科技企業(yè)也不可忽視，要加強對民營企業(yè)發(fā)展的指導和服務。建立面對民營科技企業(yè)經(jīng)營者的培訓制度，理順民營科技企業(yè)的產(chǎn)權關系，完善 現(xiàn)代 企業(yè)制度。