所具有的特殊性，因而研發(fā)項目的組合管理也存在一定的難點。其主要表現(xiàn)：一是，研發(fā)或技術開發(fā)項目組合可能與經(jīng)濟最優(yōu)化應用以及終端用戶/客戶無關。這就可能使得研發(fā)和客戶雙方產(chǎn)生理解的差異（技術性太強），以及優(yōu)先順序的差異（終端用戶忙于解決當前的運營問題），造成無為的矛盾；二是，研發(fā)項目的結(jié)果不可預測，因此會產(chǎn)生不以項目方式規(guī)劃和管理研發(fā)的誘惑；三是，某些研發(fā)項目的技術特性使得非專業(yè)人員難以評估項目的進程或下一步計劃的價值，研發(fā)人員受訓處理技術細節(jié)，但可能項目組合管理和項目管理知識有限，不應不合時宜地擾亂他們承擔的技術責任；四是，信息和知識是連貫形成的，因而在所有股東間合理地分享信息可能是耗費時間并且價格昂貴的。這樣，一系列相關項目在不同地點進行，促進信息及時的共享能夠減少重復工作和無效的努力。
為解決研發(fā)項目組合管理存在的上述難點，可以采取如下對策：
一是，使結(jié)果盡可能落在可預測的范圍之內(nèi)。所有項目在任何情況下，都可以按照預定的時間表至少確立一個中期目標，項目應按這樣的目標和時間表加以管理，在可能結(jié)束項目或指向不同方向的關鍵決策點之后的項目規(guī)劃不應該制作的過于詳細。如果項目有較強的不可預測性，項目管理不可能保證獲得預想的結(jié)果，這時項目管理應確保目標是清晰的，所有努力是方向明確的，目標的獲得是節(jié)約成本的，結(jié)論得到記錄，并在股東間得以恰當?shù)姆窒恚?/span>
二是，應組建有資歷的專家組和相應人員的組合，在一致及時的基礎上評估技術路線和價值；三是，選派研發(fā)項目管理人員，給予適當?shù)呐嘤柡蛥f(xié)調(diào)一致的管理方式，以實施項目組合與項目管理類服務；四是，研發(fā)項目經(jīng)理應使用項目管理工具 (例如 MS Project)以確保適時和目標明確，通過堅持報告里程碑式的關鍵事件完成的及時性和完整性，來強調(diào)進行中程序測量的重要性。
研發(fā)項目的組合管理可以給予我們一些啟示。從方法論的角度來說, 研發(fā)項目組合及其管理可以構(gòu)筑在通用項目組合及項目管理的基礎之上。要想獲得項目組合及項目管理的成功:首先是要有明確與適宜的管理目標，其次是積極與踏實的管理行動。另外，避免關鍵決策點之后制定過細的規(guī)劃，并且需要在整個組織中建立標準的項目組合及項目管理方法，為各個層次的參與者提供恰當?shù)呐嘤?。但無論如何，項目組合管理作為一種全新的管理模式，將幫助企業(yè)在面臨眾多研發(fā)項目而資源有限的情況下，組織管理好多個項目，通過多個項目目標的實現(xiàn)以確保企業(yè)戰(zhàn)略目標的實現(xiàn)。
目前我國的研發(fā)項目管理還一直停留在一種孤立的、隔離的傳統(tǒng)管理方式上，既無法保證研發(fā)項目之間的有機聯(lián)系，更無法保證研發(fā)項目與企業(yè)的戰(zhàn)略目標相連。即使有些研發(fā)部門采用了系統(tǒng)的項目管理思想，其范圍也很有限，只是停留在單個研發(fā)項目的水平上，即以獨立的研發(fā)項目為基礎的分散式項目管理，而
通過運用項目組合管理的基本理論，結(jié)合研發(fā)項目的實際操作經(jīng)驗，在實踐中創(chuàng)新管理理念和模式。將所有研發(fā)項目視為一個整體進行管理，不能有效的處理與現(xiàn)有業(yè)務直接有關的，不利于企業(yè)整體水平上優(yōu)化資源，而且在企業(yè)水平上與未來發(fā)展密切相關的重要活動。